Václav Malý se narodil 21. září 1950 v Praze. Po absolvování Střední všeobecně vzdělávací školy Na Zatlance studoval Cyrilometodějskou bohosloveckou fakultu v Litoměřicích. Na kněze byl vysvěcen 26. června 1976.
Stal se jedním ze signatářů Charty 77 navzdory vědomí, že kvůli svému podpisu přijde o státní souhlas nutný k vykonávání duchovního povolání. Jako kněz pak mohl veřejně sloužit pouze necelé dva roky na farnostech ve Vlašimi a Plzni.
V roce 1978 spoluzakládal Výbor na obranu nespravedlivě stíhaných, který poskytoval praktickou pomoc nespravedlivě vězněným. V roce 1979 byl Václav Malý zatčen, obviněn z podvracení republiky a ve vazbě držen sedm měsíců.
Po propuštění pracoval jako topič a zeměměřičský figurant, zároveň však působil tajně jako kněz a podílel se na tvorbě katolického samizdatu.
V roce 1981 byl Václav Malý i mluvčím Charty 77, což pro něho představovalo další latentní nebezpečí kriminálu.
Do listopadových událostí se Václav Malý zapojil především jako moderátor mítinků, setkání a masových protikomunistických demonstrací.
Spoluzakládal Občanské fórum a stal se jeho prvním mluvčím.
Již v roce 1990 se však vrátil k duchovenské službě, nejdříve působil v kostele sv. Gabriela na Smíchově, později byl farářem u sv. Antonína v Holešovicích.
V roce 1996 se stal kanovníkem Metropolitní kapituly u sv. Víta a 3. prosince jej papež Jan Pavel II. jmenoval titulárním biskupem marcelliánským a pomocným biskupem pražským.
V České biskupské konferenci je mimo jiné předsedou Rady Iustitia et Pax (Spravedlnost a mír) a je odpovědný za duchovní péči o krajany žijící v zahraničí.
Václav Malý se trvale angažuje v oblasti ochrany lidských práv. Je zakládajícím členem Výboru dobré vůle — Nadace Olgy Havlové.
Je nositelem Čestné medaile Tomáše Garrigua Masaryka za věrnost jeho odkazu. Je také prvním laureátem Ceny Arnošta Lustiga, která je udělována těm, kdo se příkladně zasloužili o udržení a rozvoj celospolečenských hodnot, jakými jsou odvaha a statečnost, lidskost a spravedlnost.
Stranou nezůstává ani jeho vlastní publicistická tvorba a úzká spolupráce s Českým rozhlasem.
Ve svých promluvách a přednáškách apeluje na účastenství a pomoc lidem trpícím, postiženým a vystaveným nesvobodě.
Jako své biskupské motto si zvolil slova Pokora a pravda.